Вам следует обновить версию программы до 1.9 (обновление лежит
здесь).
Затем в настройках контроля скидок на чек установить "разбивать на позиции с меньшей скидкой". В этом случае, если у позиции в чеке уже есть скидка большая чем на карте, то после ввода дисконтной карты скидка не изменится.