В данной ситуации возможно два варианта если у Вас в "Штрих-М: Кассир" чек печатается по закрытию, то количество аннулированных чеков, действительно, не отображается. Если же у Вас в меню "Настройка программы", закладка "Основные" в "Способе печати чека" выделено "После каждой регистрации", то количество аннулированных чеков в отчете с гашением отражается.
Действительно, количество сторнированных позиций в Z-отчете не отражается, поскольку форма отчета реализованна на уровне прошивки и регламентирована техническими требованиями к ККМ.