Есть старое письмо МНС, разрешающее регистрацию ШТРИХ-ФР-К во всех сферах (вот это
http://www.shtrih-m.ru/st/about/pismo4.htm ), которое официально не отменили. Есть новое письмо Роспрома, разрешающее регистрацию только в торговле. Видимо, до Вашей налоговой дошло первое письмо и не дошло второе. К сожалению, такое бывает.
Кроме того, часть ресторанов (особенно фастфуд) с точки зрения применения ККТ расценивается как торговля.
ЭЛВЕС-ФР-К всегда регистрировался только для торговли.