Смотрите закон 54-ФЗ: контрольно-кассовая техника применяется организациями и индивидуальными предпринимателями, при этом ККТ должна быть зарегистрирована в налоговой инспекции. Кассовый аппарат регистрируется на конкретную организацию-владельца ККМ. Обязательным реквизитами чека являются наименование организации-владельца и ИНН организации-владельца. Поэтому все наличность, прошедшая через одну кассу, будет считаться полученной той фирмой, на которую касса зарегистрирована, и на нее будут начислены налоги (если только владелец не платит ЕНВД). Выдача чека кассового аппарата, зарегистрированного на другую фирму, будет считаться неприменением ККМ.
Что касается денежного ящика, есть технические требования к контрольно-кассовой технике, которые устанавливают обязательность наличия денежного ящика для конкретных сфер применения. Вы, насколько я поняла, занимаетесь торговлей через фискальный регистратор, в этом случае ящик необходим. То есть если у вас две фирмы, у каждой есть фискальный регистратор, то каждой фирме к фискальному регистратору нужен денежный ящик.
Затем, согласно Типовым правилам эксплуатации ККМ кассир не должен иметь при себе личных денег и денег, не учтенных через кассовую машину. У вас же в денежном ящике, грубо говоря, половина суммы не учтена через конкретную кассовую машину. Методические рекомендации по использованию данных учета выручки, полученных с применением ККМ, предполагают сравнение в конце смены суммы выручки с фактической суммой. Если в денежном ящике лежит сумма на две ККМ, как вы будете ее делить? Понятно, что у вас, скорее всего, один фактический владелец у двух фирм (а две фирмы нужны, чтобы платить меньше налогов), но извините, нормативные документы таких извращений не предусматривают. Ну а если к одной из ваших фирм придет налоговая проверка, одним из способов проверки является сравнение остатка наличных денежных средств в денежном ящике с отчетом из фискальной памяти ККМ. В этом случае излишки денежных средств будут считаться неучтенными и свидетельствовать о неприменении ККМ.