Проблема именно в нерректном начислении налогов из ПО, а именно:
если в таблице 1 ФР поле 15 - Начисление налогов стоит значение 0 - на каждую операцию, то свойству Tax1 нужно присваивать значение налоговой группы при продаже (метод Sale), и присваивать значение 0 этому свойству при закрытии чека (метод CloseCheck). И наоборот при установленном значении 1 в поле 15 таблицы 1.