Проблема скорее всего в настройках Fuse-битов. Рекомендуем перепрошивать последовательным внутрисистемным программатором
ATMEL AVR ISP в верхнем ПО
AVR Studio. Настройки Fuse-битов (где нужно установить галочки):
1. Boot Flash section size=4096 words Boot start address=$F00; [BOOTSZ=00]; default value.
2. Brown-out detection level at VCC=2.7 V; [BODLEVEL=1]
3. СКОРТ fuse (operation dependent CKSEL fuses); [CKOPT=0]
4. Ext. Crystal/Resonator High Freg.; Start-up time: 16K CK+64mc; [CKSEL=1111 SUT=11].