Иногда программа управления выдает ошибку "Нет связи с ФР-Ф. Чек не был напечатан. Нажмите Enter". Нажимая Enter выходит чек.
Хотелось бы понять из-за чего это и как с этим бороться?
Есть подозрение что дело в таймауте, если так то как его поправить?

В принципе если есть возможность, то увеличить таймаут можно с использованием драйвера под Windows. Для этого в утилите "Тест драйвера ФР"/"Настройка свойств" в поле "Таймаут" ввести значение 900 мс и после этого нажать на кнопку "Установить скорость" ("Установить параметры").